位置ズレの原因と直し方
「要対応」だけ枠が2px・文字が9pxで他と違っていたのが原因でした。枠を太くすると中身の領域が上下2pxずつ削られ、文字の位置が下がります。枠は1pxに統一して、太さは内側の影（inset）で描くようにしたので、外形も文字位置も他の状態と完全に同じになりました。工程名の行も高さを固定して、太字になっても動かないようにしています。
H
進捗バッジの位置ズレを直す
上が修正前、下が修正後です。2倍に拡大しているので、バッジの上端と文字の位置を見比べてください。どちらも工程3が対応中の状態です。
H-1修正前（枠2px・文字9px）
「要対応」だけバッジがわずかに小さく、文字とドットが下がって見えます。工程名も太字になったぶん行の高さが変わります。
H-2修正後（全状態そろえる）これ
高さ18px・枠1px・文字8.5pxで全状態を統一し、太枠は内側の影で描いています。工程が1から5へ進んでも、バッジと文字の位置は1pxも動きません。
G
期限バッジ（びっくりマーク＋縦2段）
アイコンをびっくりマークに戻し、E-2の縦2段にしました。ボタン文言は16pxです。中心のズレも実測しています。
G-1びっくりマーク＋縦2段推奨
ご指定の形です。びっくりマークで「対応が要る」ことを示しつつ、日付を大きく出しています。バッジ全体が常に明滅します。
G-2同じ形で文言15px
文言だけ1px小さくした案。16pxとの差を見比べる用です。
G-3長い文言で確認（16px）
工程3の「仕訳をチェックする」を16pxで出したもの。9文字でも収まるかどうかの確認用です。
G-4アイコンなし（比較用）
びっくりマークを外した場合。バッジが小さくなるぶん文言は中央に寄りますが、対応が要ることは伝わりにくくなります。
M
確定の組み合わせで工程1〜5
G-1のバッジ、16pxの文言、W-cのグレー塗り、C-3のペン風チェック、位置ズレ修正ずみのバッジで組みました。端末は実寸の8割です。